Sie haben drei Möglichkeiten, die Substanz zu identifizieren:
- Eingabe eines eindeutigen Namens
- Spezifikation des SMILES-Strings, einer Zeichensprache für chemische Formeln
- Zeichnen einer chemischen Struktur im Formel-Editor
Eindeutiger chemischer Name:
Bitte verwenden Sie nach Möglichkeit die systematische
chemische
Nomenklatur nach IUPAC (wie
z. B. 2,3,4-Trimethylhexan) oder einen eindeutigen
Trivialnamen (z. B. Norbornan) damit wir die Komponente eindeutig identifizieren können.
Bezeichnungen nach
INCI,
wie sie vor allem bei kosmetischen Inhaltsstoffen verwendet
werden, können meist auch eingesetzt werden.
Bitte vermeiden sie unklare Trivialnamen oder Abkürzungen.
SMILES-String erfassen:
Wenn Sie den SMILES String und den chemischen Namen nicht kennen, jedoch die molekulare Struktur
darstellen können, zeichnen Sie einfach das betreffende Molekül mit dem Editor für die jeweilige
Komponente. Beim Schliessen des Editors wird automatisch der SMILES-String erstellt.
Polymere
Bei Polymeren zeichen sie die monomere Einheit und geben die Replikation der
Einheit beidseits mit dem Speziellen Atomtyp R an. Das geht durch Selektion des Endes mit
Auswahlrechteck oder Lasso, so dass nur das endständige Atom ausgewählt wird. Das Pseudo-Atom R
findet sich im Menü Atome unter Pseudoatome.
Der SMILES enthält dann * [und evtl. eine Masse, die Sie ignorieren können] für das Stellvertreter-Atom.
Vergessen Sie nicht, den Polymerisierungsgrad im Feld für den Namen der
Komponente zu erwähnen.
Biopolymere (Peptide und Genfragmente) sind sehr geeignet für die Art der Simulation, jedoch sind
lange Sequenzen ausserhalb der Reichweite dieses Auftragsvolumens. Haben Sie spezielle Fragen zu
Interaktionen und Eigenschaften von Biopolymeren nehmen Sie am besten direkt mit uns
Kontakt auf und lassen Sie Ihren Fall individuell abklären.
Weitere Komponenten
Mit weiteren Komponenten verfahren Sie genau gleich. Zusätzlich müssen Sie entweder die
Molverhältnisse zu den anderen Komponenten als ganzzahlige Einheiten angeben, so wie Sie das
bei chemischen Reaktionen auch vorzugsweise tun würden, oder einfach die Massenanteile deklarieren,
so dass diese gemeinsam 100% ausmachen.
Beachten Sie dabei dass keine Komponente unter 1% Massenanteil haben kann, weil wir auf eine gewisse
statistische Menge in der Simulation angewiesen sind, um überhaupt eine verlässliche Aussage zu
makroskopischen Grössen berechnen zu können.
